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Les premiers pas de KOS-MOS dans l’épisode I se feront via l’encephalon lors d’un test d’entraînement tout à fait banal de prime abord mais qui très vite va s’avérer de plus en plus étrange. En effet vers la fin de ce test alors que KOS-MOS affronte un gnosis, elle va commencer à créer d’elle-même un nouveau réseau au sein même de l’ordinateur central à une vitesse tout à fait extraordinaire, ce qui va provoquer des modifications au sein même de l’encephalon. Ensuite lorsqu’elle utilisera l’Hilbert effect, elle entraînera des apparitions étranges au sein même de l’encephalon, dont notamment la présence d’une petite fille aux cheveux roux. Le test se conclura par un effondrement complet de l’encephalon ! Comment KOS-MOS réussit-elle à agir sur l’encephalon et pourquoi ces «choses» apparaissent dans son encephalon ? Ceci est un mystère pour tout le monde !
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Création d'un nouveau réseau dans l'ordinateur principal de KOS-MOS
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La première version de KOS-MOS massacrant les membres du labo
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On pourrait aussi se demander pourquoi les tests de KOS-MOS sont simulés et non pas réalisés en vrai. La raison est simple : au cours de l’épisode I durant certains flash-back on verra la première activation de KOS-MOS qui se terminera par le massacre des membres du laboratoire, dont Kevin, par KOS-MOS elle-même! Suite à cela, tout le personnel de Vector a des réticences à activer KOS-MOS et certains préféreraient ne jamais avoir besoin à le faire.
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Mais c’est pourtant lors de l’attaque des gnosis contre le Woglinde que KOS-MOS va s’activer sans intervention de Shion, qui est pourtant la seule à connaître ses codes d’activations. KOS-MOS aura alors deux principales directives à suivre : protéger les membres de Vector Industries et sécuriser l’objet non identifié présent dans le hangar du Woglinde. Qui lui a donné ces ordres ? Peut être la même personne qui l’a activée. A moins que son activation ne soit uniquement due à la seule volonté de KOS-MOS… Encore une énigme.
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C’est ainsi que KOS-MOS va réussir successivement à placer les membres du laboratoire dans des pods de secours puis à sauver Shion qui était en prise avec les gnosis. Enfin elle dirigera Shion, Allen et Virgil vers le hangar où se trouve le dernier pod de survie et surtout ce fameux objet non identifié qu’elle doit protéger. C’est alors que KOS-MOS va commettre un acte impardonnable, un acte qui fera réaliser que sous son apparence humaine KOS-MOS est avant tout une machine de guerre. Afin de protéger Shion d’un gnosis, KOS-MOS va tuer le lieutenant Virgil car ce dernier était dans sa ligne de mire et que tout changement de position pour éviter le lieutenant aurait entraîné une chute de 30% de ses capacités… Pire encore KOS-MOS n’éprouve strictement aucun remord face à son acte et réussit même à en donner une explication des plus horriblement rationnelle ! Pour elle peu importe, le plus important est cet objet que les gnosis ont finalement réussi à capturer et qu’elle analyse très vite comme étant un émulateur du Zohar. KOS-MOS transmettra ensuite toutes ses informations à une personne avec qui elle discute et dont elle recevra l’ordre de se rendre sur Second Miltia.
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Mais d'où proviennent toutes ces infos sur le Zohar?
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KOS-MOS en train d'«absorber» la flotte gnosis...
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Pour cela elle réquisitionnera de façon très persuasive l’Elsa du capitaine Matthews où elle y fera la rencontre de chaos qu’elle scannera 3 fois de suite comme s’il lui posait des problèmes pour être identifié… KOS-MOS ne se fera alors plus remarquer jusqu’à l’arrivé devant l’émulateur du Zohar au sein du Cathedral Ship. KOS-MOS semble alors posséder de nombreuses données sur le Zohar que Shion ne lui a jamais implanté dans sa base de données. Et c’est lorsqu’ils vont tenter de s’échapper du Cathedral Ship à bord de l’Elsa que KOS-MOS va réaliser une chose impensable : après que ses yeux aient viré du rouge vers le bleu, KOS-MOS va prendre l’initiative de sortir de l’Elsa et d’utiliser une arme que personne ne lui a installé qui lui permet d’«absorber» en quelques secondes toute la flotte gnosis ! Même Shion n’y comprend rien ! Encore plus étrange avant d’utiliser son arme KOS-MOS va prononcer : « Est-ce que ressentir la douleur me rendra complète ? ». Mais que veut-elle dire?
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On apprendra ensuite peu de chose sur KOS-MOS jusqu’au moment où Shion et les autres ont besoin de récupérer des données et que pour cela ils doivent plonger dans l’encephalon de KOS-MOS. Non seulement KOS-MOS réussit l’exploit de recréer dans son encephalon le passé de tout le monde mais en plus, on assistera durant un court instant au futur auquel est promis KOS-MOS. En effet KOS-MOS apparaît dans l’espace avec des ailes et des canons sur les épaules en train de lutter face à U-DO. Ceci serait visiblement un futur proche et l’un des buts ultimes de KOS-MOS.
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Mais qu'est donc vraiment KOS-MOS?
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KOS-MOS, de retour dans le monde réel, se rendra de nouveau utile pour révéler la Song of Nephilim à l’aide de son pistolet de transfert de phase.

Les ailes de KOS-MOS protégeant l'Elsa
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Enfin elle terminera cet épisode en apothéose lors de la destruction du Proto Merkabah. En effet alors que l’Elsa est en train de se heurter violemment à l’atmosphère de Second Miltia, KOS-MOS décide une nouvelle fois de prendre les choses en main et de sortir de l’Elsa pour le protéger. Au passage elle croisera chaos à qui elle demande « de libérer sa souffrance sur elle ». Et c’est au moment de protéger l'Elsa pour lui permettre de se rétablir qu’une nouvelle chose inexplicable se produit : ses yeux virent de nouveau au bleu et 3 paires d’ailes sortent de son dos et viennent protéger l’Elsa ! Incroyable !
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C’est sur cette scène que se conclut l’aventure de Xenosaga épisode I. Mais à ne pas en douter KOS-MOS nous réservera de nouvelles scènes d’anthologies et pleines de mystères dans l’épisode II !
Du point de vu des combats, KOS-MOS se révèlera comme un des plus puissants personnages de votre équipe. Dotée d'une très grande force et d'une résistance importante, vous compterez souvent sur elle pour venir à bout des ennemis les plus coriaces. Ses furies sont toutes basées sur les differentes armes qu'elle possède et elle dispose d'une attaque speciale qui varie en fonction de l'arme avec laquelle elle est équipée.
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