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Margulis sera de retour avec un nouveau maître : le Cardinal Heinlein. L'Ormus étant débarrassé du Pape, elle va enfin pouvoir se recentrer sur son véritable objectif, retrouver le chemin de Lost Jerusalem.
Ce sera sur Michtam que Margulis rentrera en scène, il discutera avec Pellegri du destin tragique de leur monde natal, de Lost Jerusalem mais également des dispositions prises contre la Fédération. Puis un soldat viendra l'informer de la présence de l'Elsa aux abords de Rennes le Château. Margulis décidera d'y aller lui-même car il s'agit sûrement de son vieil ennemi.

Margulis à bord de l'E.S. Levi
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C'est ainsi que Margulis et Jin se retrouveront pour de nouveau croiser le fer. Ces retrouvailles musclées seront aussi l'occasion de découvrir l'E.S. de Margulis : Levi. Malheureusement leur duel en E.S. sera interrompu par l'apparition de la sphère énergétique émanant de Rennes le Château!
Margulis tentera de retenir Jin mais l'Elsa interviendra et fera valser Levi. Margulis se vengera en détruisant les moteurs de l'Elsa qui tombera sur Rennes le Château. Il tentera alors d'arrêter l'Elsa mais Heinlein lui ordonnera de rentrer au QG : ils ont la sainte en leur possession. Bien malgré lui, Margulis obéira et se retirera.
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Nous le retrouverons plus tard en entretien avec le Cardinal Heinlein qui lui demandera de ne pas toucher à l'Omega de la Fédération. Margulis ne comprendra pas pourquoi mais Heinlein lui répondra que tout est déjà planifié et qu'il n'a pas à prendre d'initiative, sauf s'il a perdu la foi tout comme l'avait perdu Sergius. Margulis répondra que non et qu'il obéira.
Lors du voyage temporel sur Miltia nous apercevrons Margulis à plusieurs reprises, planifiant avec Sellers et Kevin la chute de Mizrahi et la récupération des données nécessaires pour retrouver le chemin de Lost Jerusalem. On apprendra également qu'à cette époque Margulis était déjà au service de Heinlein.
Puis nous le retrouverons lorsque Shion sera capturée par l'U-TIC. Il se chargera de l'interrogatoire et comprendra très vite qu'elle n'est pas une espionne. Il aura l'idée de la confronter à Suô mais cela ne donnera rien de probant et il n'aura pas le temps d'aller plus loin car Shion réussira à s'échapper.
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Margulis à l'époque de Miltia
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Retour au présent, à bord du Prodigium. Lorsque l'Arche d'Abel apparaîtra, Margulis donnera l’ordre de faire bouger la flotte et de faire feu sur l'Arche malgré les ordres contraires de Heinlein. Pellegri s'en inquiétera mais Margulis lui rétorquera que lui s’inquiète surtout que Yuriev qui possède Omega se dirige vers Michtam, tout comme l'Arche.
Evidemment Margulis se fera réprimander par Heinlein qui lui ordonnera de désengager la flotte et de retourner sur Michtam. Margulis commencera alors à avoir des doutes sur Heinlein et se demandera s'il poursuit réellement le même but qu'eux...

Margulis découvrant la vérité sur Heinlein et l'Ormus
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Lorsqu'aux abords de Michtam les combats éclateront entre l'Ormus et la Fédération, Heinlein convoquera Margulis pour une nouvelle fois le réprimander. Margulis avouera alors ne pas comprendre les intentions du cardinal. Leur but n'est-il pas Lost Jerusalem ?
C'est alors que Heinlein révèlera sa véritable identité : Wilhelm! Il expliquera à Margulis que tout a été planifié pour ce jour et que l'Ormus n'était qu'un simple engrenage de ce plan. Margulis réalisera que tout n'était que mensonge et se demandera si tout ce qu’il a fait jusqu'à maintenant étaient inutile. Mais Margulis n'est pas le genre d'homme à vivre dans le regret et il lui faut désormais trouver une façon appropriée de conclure son combat.
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A bord de son E.S., Margulis attendra Jin dans le laboratoire de l'Ormus, sur Michtam. Il reconnaîtra qu'ici se trouve un rêve qui s'est transformé en cauchemar et qu'il s'est peut-être laissé lui aussi prendre dans ce cauchemar. Tout n'était que mascarade mais il ne veut pas trahir son combat avec Jin. Il veut laisser une trace de lui en tant qu’homme et en tant que soldat et... ce combat servira de preuve.
L'affrontement sera terrible et violent mais Margulis sera vaincu. Il félicitera Jin mais lui dira que sa force vient du fait qu'il a rompu tous ses liens et que désormais il est seul. Ne voulant pas mourir de la main de son ancien ami, Margulis sortira son épée et se l’enfoncera dans le ventre en même temps que son E.S. explosera.
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Margulis choisissant lui-même sa fin
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Ainsi disparaîtra Margulis qui aura été fidèle jusqu'au bout à ses convictions et à son combat contre Jin.
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